Iori Kitahara muda-se para a cidade litorânea de Izu para iniciar a faculdade, passando a morar no andar de cima da Grand Blue, a loja de mergulho de seu tio. Iori nutre grandes expectativas e sonhos de viver a experiência universitária ideal, mas, ao entrar na loja, acaba sendo arrastado para as farras regadas a álcool dos membros despreocupados do Clube de Mergulho que frequentam o local. Incentivado pelos veteranos Shinji Tokita e Ryuujirou Kotobuki, Iori acaba participando, a contragosto, da festa inusitada deles. Sua prima, Chisa Kotegawa, chega logo depois e o flagra na situação, despertando nela um profundo desprezo por ele. Baseado no popular mangá de comédia de Kenji Inoue e Kimitake Yoshioka, Grand Blue acompanha as desventuras de Iori com seus novos e excêntricos amigos enquanto ele tenta realizar o sonho de uma vida universitária ideal e, ao mesmo tempo, aprende a mergulhar.