Já se passaram três meses desde que Iori Kitahara começou a morar acima da Grand Blue — a loja de mergulho de seu tio — e entrou para o Clube de Mergulho da universidade. Ao lado dos outros membros, ele tem passado os dias bebendo e se divertindo de forma desenfreada. No entanto, quando Shiori, a irmã de Iori, fica sabendo de seu comportamento, ela decide tomar uma atitude: levá-lo de volta para casa e fazê-lo assumir a pousada da família. Apesar de seus esforços, Shiori acaba desistindo temporariamente ao perceber o quanto Iori se apegou à Grand Blue e aos seus amigos. Enquanto Iori e o restante do Clube de Mergulho continuam festejando como se não houvesse amanhã, eles se envolvem nas mais diversas situações bizarras e divertidas — e, de alguma forma, ainda conseguem aprimorar suas habilidades de mergulho!